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El científico recupera secuencias de genes del coronavirus eliminadas en secreto el año pasado en Wuhan

El virus SARS-CoV-2 invade las células humanas al unirse a los receptores ACE2 en la superficie de esas células. Crédito de la imagen: Shutterstock

Encontrar la historia del origen del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de casi 3,9 millones de muertes en todo el mundo, se ha visto obstaculizado en gran medida por la falta de acceso a la información de China, donde aparecieron los casos por primera vez.

Ahora, un investigador en Seattle ha desenterrado archivos eliminados de Google Cloud que revelan 13 secuencias genéticas parciales para algunos de los primeros casos de COVID-19 en Wuhan, informó Carl Zimmer The New York Times .

Las secuencias no inclinan la balanza hacia o lejos de una de las muchas teorías sobre cómo surgió el SARS-CoV-2; no sugieren el virus se filtró de un laboratorio de alta seguridad en Wuhan, tampoco sugieren un evento de desbordamiento natural. Pero sí reafirman la idea de que el nuevo coronavirus circulaba antes que el primer brote importante en un mercado de productos del mar.

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Para determinar exactamente cómo y dónde se originó el virus, los científicos deben encontrar el llamado virus progenitor, aquel del que descendieron todas las demás cepas. Hasta ahora, las secuencias más tempranas son principalmente aquellas tomadas de muestras de casos en Huanan SeafoodMercado en Wuhan, que inicialmente se pensó que era el lugar donde surgió por primera vez el nuevo coronavirus a fines de diciembre de 2019.Sin embargo, los casos desde principios de diciembre y hasta noviembre de 2019 no tenían vínculos con el mercado, lo que indica bastante temprano en el pandemia que el virus surgió de otro lugar.

Hubo un problema persistente con esas primeras secuencias genéticas. Aquellos de los casos encontrados en el mercado incluyen tres mutaciones que faltan en las muestras de virus de casos que aparecieron semanas después fuera del mercado. Los virus a los que les faltan esas tres mutaciones coinciden máscon el coronavirus que se encuentra en los murciélagos de herradura. Los científicos están relativamente seguros de que el nuevo coronavirus surgió de alguna manera de los murciélagos, por lo que es lógico suponer que al progenitor también le faltarían esas mutaciones.

Y ahora, Jesse Bloom del Instituto Médico Howard Hughes en Seattle descubrió que las secuencias eliminadas, probablemente algunas de las primeras muestras, también carecían de esas mutaciones Bloom es el autor principal de una carta publicada en mayo en la revistaLa ciencia insta a una investigación imparcial sobre los orígenes del coronavirus Rhythm89 informado .

"Son tres pasos más similares a los coronavirus de murciélago que a los virus del mercado de pescado de Huanan", dijo Bloom a The New York Times. Estos nuevos datos sugieren que el virus estaba circulando en Wuhan mucho antes de que apareciera en los mariscos.mercado, dijo Bloom.

"Este hecho sugiere que las secuencias de mercado, que son el foco principal de la epidemiología genómica en el informe conjunto OMS-China ... no son representativos de los virus que circulaban en Wuhan a fines de diciembre de 2019 y principios de enero de 2020 ", escribió Bloom en su documento subido el 22 de junio a la base de datos de preimpresión bioRxiv .

Según Zimmer, hace aproximadamente un año, 241 secuencias genéticas de pacientes con coronavirus habían desaparecido de una base de datos en línea llamada Sequence Read Archive, mantenida por los Institutos Nacionales de Salud NIH.

Bloom notó las secuencias faltantes cuando encontró una hoja de cálculo en un estudio publicado en mayo de 2020 en la revista PeerJ en el que los autores enumeran 241 secuencias genéticas de SARS-CoV-2 hasta fines de marzo de 2020; las secuencias eran parte deun proyecto de la Universidad de Wuhan llamado PRJNA612766 y supuestamente se cargaron en Sequence Read Archive. Buscó en la base de datos del archivo las secuencias y recibió el mensaje "No se encontraron elementos", escribió Bloom en el artículo bioRxiv, que no ha sido revisado por pares.

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Su investigación reveló que las secuencias eliminadas habían sido recolectadas por Aisu Fu y el Hospital Renmin de la Universidad de Wuhan, y una preimpresión de la investigación publicada a partir de esas secuencias referidas como Wang et al.2020 sugirió que provenían de muestras de hisopos nasales depacientes ambulatorios con sospecha de COVID-19 al comienzo de la epidemia.

Bloom no pudo encontrar ninguna explicación de por qué se habían eliminado las secuencias, y sus correos electrónicos a los dos autores correspondientes para preguntar no recibieron respuesta.

"No hay una razón científica plausible para la eliminación: las secuencias son perfectamente concordantes con las muestras descritas en Wang et al. 2020a, b", escribió Bloom en bioRxiv. "No hay correcciones al artículo, el artículoafirma que se obtuvo la aprobación de sujetos humanos y que la secuenciación no muestra evidencia de contaminación de plásmido o de muestra a muestra. Por lo tanto, parece probable que las secuencias se hayan eliminado para ocultar su existencia ".

Bloom señala varias limitaciones a su estudio, principalmente que las secuencias son solo parciales y no incluyen información para dar una fecha clara o lugar de recolección, información crucial para rastrear el virus hasta su origen.

Independientemente, Bloom cree que examinar más profundamente los datos archivados de los NIH y otras organizaciones, y reconstruir las secuencias, podría ayudar a pintar una imagen más clara del origen y la propagación temprana del SARS-CoV-2, todo sin necesidad deestudios sobre el terreno en China.

Lea más sobre las secuencias eliminadas en The New York Times .

Publicado originalmente en Rhythm89.