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Misterioso 'gen dentro de un gen' encontrado en el coronavirus

Imagen: © Shutterstock

Los investigadores han descubierto un gen misterioso en el código genético del coronavirus SARS-CoV-2, un segmento prácticamente oculto a la vista en el genoma del virus y, en gran parte, pasado por alto hasta ahora.

El gen recientemente identificado - llamado ORF3d - es un ejemplo de lo que se llama gen superpuesto : una especie de 'gen dentro de un gen' que está efectivamente oculto en una cadena de nucleótidos, debido a la forma en que se superpone a las secuencias codificadas de otros genes.

"En términos de tamaño del genoma, el SARS-CoV-2 y sus parientes se encuentran entre los virus de ARN más largos que existen" explica bioinformático Chase Nelson del Museo Americano de Historia Natural.

"Por lo tanto, son quizás más propensos a 'engaños genómicos' que otros virus de ARN".

Los virus son en realidad bastante propensos a albergar genes superpuestos, por lo que no es exactamente un descubrimiento sorprendente. Si ORF3d Queda por ver que realmente representa un engaño genómico, pero en cualquier caso, es ciertamente difícil de ver.

Los genes superpuestos son difíciles de identificar en secuencias genéticas, ya que los sistemas de escaneo genómico a menudo pueden pasarlos por alto cuando se ejecutan a través de cadenas de código genético: programados para recoger genes individuales, pero no necesariamente viendo instrucciones generales compartidas entre los nucleótidos de genes adyacentes en unsecuencia.

En el contexto de virus como el SARS-CoV-2, eso podría convertirse en un punto ciego grave. Los científicos lo han hecho corriendo para comprender tanto como sea posible sobre este devastador virus desde principios de este año, y aunque se han aclarado algunos aspectos de su composición genética incluido el consenso firme de que no fue 'hecho en un laboratorio' , queda mucho por hacer que todavía no sabemos.

"La falta de genes superpuestos nos pone en peligro de pasar por alto aspectos importantes de la biología viral" Nelson dice .

"La superposición de genes puede ser una de las formas en que los coronavirus han evolucionado para replicarse de manera eficiente, frustrar la inmunidad del huésped o transmitirse por sí mismos".

En cuanto a ORF3d , todavía hay mucho que aprender sobre por qué está allí, acechando en el genoma y entre otros genes.

Al escanear las bases de datos genómicas, los investigadores encontraron que el gen se había identificado antes, pero solo en una variante del coronavirus que afecta a los pangolines que se encuentra en Guangxi, China.

También ha sido previamente clasificado erróneamente como un gen no relacionado ORF3b - que está presente en otros coronavirus, incluido el SARS-CoV, pero en realidad no son lo mismo.

"Los dos genes no están relacionados y codifican proteínas completamente diferentes" Nelson dice . "Esto significa que el conocimiento sobre el SARS-CoV ORF3b no debe aplicarse a SARS-CoV-2 ORF3d . "

Una cosa que sí sabemos sobre el gen misterioso, basado en análisis de sangre previos con pacientes humanos con COVID-19, es que ORF3d provoca una fuerte respuesta de anticuerpos.

En cuanto a si las células T también se activarían, o qué otros propósitos virales se superponen ORF3d podría haberlo hecho, todavía estamos en la oscuridad. Podría ser relativamente benigno. Puede que no lo sea

"Aún no conocemos su función o si hay importancia clínica" Nelson dice .

"Pero predecimos que es relativamente poco probable que este gen sea detectado por una respuesta de células T, en contraste con la respuesta de anticuerpos. Y tal vez eso tenga algo que ver con la forma en que el gen pudo surgir".

Una cosa es segura. En un virus que solo tiene alrededor de 15 genes conocidos, el descubrimiento de otro, y mucho menos un gen superpuesto, es un avance significativo. Los científicos tratarán de descubrir qué tan significativo ahora.

Los hallazgos se informan en eLife .

Este artículo fue publicado originalmente por ScienceAlert . Lea el artículo original aquí .

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